In het Deltafonds zit geld van de Rijksoverheid om een deel van de maatregelen van het Deltaprogramma uit het Deltafonds te betalen. Andere partners betalen ook mee. Tot 2050 is er in het Deltafonds naar verwachting € 29 miljard beschikbaar voor het Deltaprogramma. De totale kosten van het Deltaprogramma 2025–2050 worden geraamd op circa € 38 miljard, met een onzekerheidsbandbreedte van € +/- € 4 miljard. Dit ligt ongeveer € 9 miljard boven het beschikbare budget. Hoewel het geraamde tekort door nieuwe inzichten bij het HWBP is gedaald van € 13 naar € 9 miljard, blijft het aanzienlijk. Het kabinet heeft in de begroting 2026 € 1 miljard extra aan het HWBP toegewezen. Het gaat hier om een verschuiving van andere middelen voor het Deltaprogramma en biedt geen structurele oplossing.
Naast de financiële druk vormt de uitvoerbaarheid van de projecten een groeiend knelpunt: de hoeveelheid werk en complexiteit nemen toe, terwijl realisatie steeds moeilijker wordt. Daarom adviseert de deltacommissaris in de aanbiedingsbrief bij Deltaprogramma 2026 een bestuurlijke verkenning te starten hoe we in Nederland over bestuurlijke en sectorale grenzen heen tot de maatschappelijk beste oplossingen voor een klimaatbestendige inrichting van ons land kunnen komen. De verkenning moet er ook voor zorgen dat er tijdig zicht en grip komt op de lange termijn financiering van de maatregelen die nodig zijn om veilig te blijven voor hoogwater, toenemende weersextremen en zoetwatertekorten.