In het Deltafonds zit geld van de Rijksoverheid om een deel van de maatregelen van het Deltaprogramma uit het Deltafonds te betalen. Andere partners betalen ook mee. In 2025 is er € 1,8 miljard beschikbaar in het Deltafonds, waarvan € 0,8 miljard voor de doelen van het Deltaprogramma.
De verwachting is dat er in totaal – voor de hele looptijd van het Deltaprogramma tussen 2015 en 2050 – € 28 miljard beschikbaar is voor de maatregelen. De deltacommissaris acht dit niet voldoende voor de verwachte kosten van de maatregelen, die naar schatting € 41 miljard zijn. Dat komt vooral doordat eind 2023 duidelijk werd dat de opgave voor dijkversterkingen veel groter is dan geschat bij de start van het Deltaprogramma. De opgaven voor een waterrobuust en klimaatbestendig land worden groter en daardoor nemen de kosten toe.
De verwachte kosten tot en met 2050 zijn nog onzeker. Bij de huidige schatting van € 41 miljard zit een bandbreedte van zo’n € 9 miljard. In de herijking wordt gewerkt aan het verkleinen van deze bandbreedte.